La Fédération des Conservatoires botaniques nationaux a été créée en 1999 à l'initiative des CBN. La création et les statuts de la FCBN ont fait l'objet d'une approbation par arrêté de la Ministre en charge de l'environnement le 7 juin 1999. Cette création est intervenue en 2000 sous forme d'association "loi 1901".

Quelques dates clés pour la FCBN :

• 7 juillet 1999 : arrêté ministériel du ministère en charge de la protection de la nature approuvant les statuts de la FCBN 
• 17 juin 2000 : création de l'association "Fédération des Conservatoires botaniques nationaux"
• 2004 : recrutement d'un premier salarié
• octobre 2009 : lancement de la constitution d'une équipe scientifique et technique permanente et installation dans des locaux temporaires à Montreuil (93)
• 12 Juillet 2010 : reconnaissance législative des CBN et de leur fédération (loi Grenelle 2)
• 8 août 2016 : loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages qui transfère la coordination technique des CBN à l'Agence française pour la biodiversité. La FCBN conserve sa mission de représentation du réseau des CBN.